Wpis do rejestru następuje przed sądem rejonowym właściwym ze względu na siedzibę fundacji, w wydziale gospodarczym Krajowego Rejestru Sądowego. Wniosek składa się na formularzu KRS-W20 z załącznikiem KRS-WK dotyczącym osób w organach, a do akt trafiają akt notarialny, statut, uchwały o powołaniu władz oraz oświadczenia o adresie do doręczeń. Zgodnie z art. 22 ustawy o Krajowym Rejestrze Sądowym wniosek powinien zostać złożony w terminie 7 dni od zdarzenia uzasadniającego wpis. Sąd pyta zwykle o tytuł prawny do lokalu wskazanego jako adres siedziby, więc przydaje się umowa z kategorii umowy dotyczące lokali i nieruchomości.
Fundacja prowadząca działalność gospodarczą funkcjonuje w podwójnym wpisie: w rejestrze stowarzyszeń oraz w rejestrze przedsiębiorców. Od 1 lipca 2021 r. organizacje z działalnością gospodarczą składają wnioski wyłącznie przez Portal Rejestrów Sądowych, a każdy członek zarządu musi mieć w nim konto i podpisywać dokumenty profilem zaufanym albo podpisem kwalifikowanym. Organizacje bez takiej działalności zachowały wybór między drogą elektroniczną a papierową. Podjęcie działalności nieprzewidzianej w statucie wymaga uprzedniej jego zmiany (art. 11 ust. 1 ustawy o fundacjach), czyli dwóch postępowań zamiast jednego.
Nadzór nad fundacją sprawuje minister wskazany przez fundatora, a przy działalności wojewódzkiej również starosta. To ten organ otrzymuje roczne sprawozdanie i może wystąpić do sądu o zbadanie zgodności działania fundacji ze statutem, dlatego przy celach z pogranicza dwóch resortów wybór ministra nie jest formalnością.
Status organizacji pożytku publicznego nie powstaje wraz z rejestracją. Fundacja może się o niego ubiegać dopiero po dwóch latach nieprzerwanej działalności pożytku publicznego, a sam status uzyskuje z chwilą wpisania odpowiedniej informacji do rejestru. Statut musi wcześniej przewidywać kolegialny organ kontroli odrębny od zarządu oraz zawierać zakazy z art. 20 ust. 1 pkt 6 ustawy o działalności pożytku publicznego: udzielania pożyczek i zabezpieczania zobowiązań majątkiem organizacji wobec osób powiązanych, przekazywania im majątku oraz zakupu towarów i usług od podmiotów, w których osoby te uczestniczą. Wpisanie tych klauzul od razu oszczędza późniejszej zmiany statutu.
Obowiązki po rejestracji zaczynają się szybciej, niż zakłada większość zarządów: zgłoszenie beneficjentów rzeczywistych do Centralnego Rejestru Beneficjentów Rzeczywistych w terminie 14 dni roboczych od wpisu, księgi rachunkowe według ustawy o rachunkowości oraz dokumentacja ochrony danych darczyńców i podopiecznych.