Właściwość sądu ustala się według siedziby stowarzyszenia, a sprawy rejestrowe prowadzą wydziały gospodarcze KRS sądów rejonowych w kilkunastu miastach, między innymi w Warszawie, Krakowie, Gdańsku, Poznaniu, Katowicach, Wrocławiu, Łodzi i Białymstoku. Praktyka poszczególnych wydziałów różni się w szczegółach. Część referendarzy oczekuje podania numeru PESEL założycieli, choć ustawa tego nie wymaga, inni proszą o adres zameldowania zamiast adresu zamieszkania. Bezpieczniejsze jest przygotowanie trzech egzemplarzy każdego dokumentu: dwa dla sądu, jeden do dokumentacji organizacji.
Miasta na prawach powiatu mają odrębność po stronie nadzoru. Organem nadzorującym jest tam prezydent miasta, a nie starosta, co ma znaczenie przy późniejszej korespondencji, sprawozdaniach i ewentualnych wezwaniach do wyjaśnień. W powiatach ziemskich rolę tę pełni starosta właściwy dla siedziby organizacji. W obu przypadkach nadzór ma charakter następczy: urząd otrzymuje komplet dokumentów dopiero po rejestracji.
Stowarzyszenia jednostek samorządu terytorialnego podlegają nadzorowi wojewody, a nie starosty, i ich zebranie założycielskie przebiega w oparciu o uchwały organów stanowiących gmin lub powiatów, które przystępują do związku. Dokumentacja jest wtedy dwuwarstwowa: uchwały rad plus protokół zebrania przedstawicieli.
Organizacje działające na wsi korzystają często z formy stowarzyszenia zwykłego lub koła gospodyń wiejskich wpisywanego do rejestru prowadzonego przez Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. To odrębna ścieżka rejestracyjna, więc przed zwołaniem zebrania warto przesądzić, do którego rejestru zmierzacie. Jeśli organizacja planuje zatrudnienie personelu zaraz po rejestracji, przygotuj równolegle dokumenty kadrowe zgodne z Kodeksem pracy.